sabato 6 dicembre 2014

Come calcolare quanto DNA di Neandertal è presente nel nostro DNA.

"Ao l'ultimo dei Neandertal" è una produzione francese del 2010 del regista Jacques Malaterre, nel film si racconta Ao l'ultimo Neandertal vivente e ell'interbreeding con i Sapiens.

Nel frattempo se volete calcolare il livello del vostro interbreeding coi Neandertal è possibile farlo confrontando su GEDmatch il vostro DNA autosomale col reperto fossile di una femmina di Neandertal vissuta nella Siberia settentrionale circa 50.000 anni fa (kit F999902), la cui storia è descritta in questo articolo sulla rivista Nature. Il kit è stato appositamente rielaborato per consentire il confronto con i test degli uomini moderni. Io l'ho fatto è ho trovato le seguenti corrispondenze con questo nostro antichissimo antenato.

Altai Neandertal (50.000 anni fa):

a 100 SNPs
Segmento più grande in comune = 1,7 cM (cM = Centimorgans)
Totale dei segmenti > 1 cM = 8,0 cM

a 200 SNPs
Segmento più grande in comune = 1,4 cM
Totale dei segmenti > 1 cM = 1,4 cM

La cosa più interessante che possiamo notare nella comparazione di questi antichi DNA è che la percentuale di DNA di Neandertal nell'uomo moderno è stata da subito piuttosto bassa, ma nel corso dei millenni questa è rimasta pressoché costante. Infatti confrontando l'autosomale dell'Altai Neandertal, 50ky (kit F999902) con il più antico uomo moderno ritrovato, Ust'-Ishim, Siberia, 45ky (kit F999935) si ottiene

a 100 SNPs
Segmento più grande in comune = 4,0 cM
Totale dei segmenti > 1 cM = 131,8 cM

a 200 SNPs
Segmento più grande in comune = 4,0 cM
Totale dei segmenti > 2 cM = 39,3 cM

L'aliquota di DNA condiviso è abbastanza piccola e corrisponde a circa il 2,3% del genoma, la stessa percentuale si può facilmente trovare ancora adesso tra i non-africani. Sembrerebbe quindi che tale percentuale seppur piccola sia rimasta costante nel tempo nell'uomo moderno. Ust'-Ishim è anche il DNA antico al quale sono più vicino.

a 200 SNPs
Segmento più grande in comune = 4,6 cM
Totale dei segmenti > 2 cM = 161,8 cM

Il mio DNA corrisponde quindi a circa il 2,3% del DNA di questo cacciatore-raccoglitore siberiano vissuto 45.000 anni fa nei pressi dell'attuale Omsk.

Buona visione.

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1 commento:

Anonimo ha detto...

Un film commovente..grazie bighipert!

Cerdic

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